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为保证干燥塔体及其管道和所有与成品接触的部件的清洗，得到前列的产品，有规则的清洗设备是十分必要的。当产品品种更换时，或是喷雾干燥器已经停产24h以上而未清洗的，应作一次彻底的清洗。
清洗方法，可根据实际选择干洗、湿洗或化学洗。
干洗：用刷子、吸尘器清扫（适用于小型干燥机）。
湿洗：用60~80℃的热水进行清洗。
化学洗：用碱液、酸液和各种洗涤剂清洗。其中，酸洗：将HNO3配成1~2%浓度的溶液，加热温度不超过65℃进行洗涤，然后用水清洗；碱洗：将NaOH配成0.5~1%浓度的溶液，加热温度不超过65℃进行洗涤，然后用清水清洗。
当进行湿洗和化学洗涤后，应将设备和各部件安装好，进行高温消毒，时间15~30min。
在喷雾干燥器清洗时，注意不能用氯及其化合物洗涤。
空气过滤器的清洗，应按周围环境条件，即空气含尘量的高低而定，一般含量高的3~6星期清洗一次，含尘量低的6~8星期清洗一次。其中的不锈钢细丝，用碱洗法洗涤后，仍应均匀地敷设到空气过滤器的框架内，并喷以轻质锭子油或真空泵油。